行方市は、東京からおよそ70キロメートル、水戸市からおよそ40キロメートル、茨城県の南東部に位置し、北は鉾田市と小美玉市、南は潮来市、東は北浦を介して鹿嶋市、西は霞ヶ浦を介してかすみがうら市に接しています。
市域は、東西約12キロメートル、南北約24キロメートル、面積は222.46平方キロメートル(霞ヶ浦の面積45.50平方キロメートル、北浦の面積10.48平方キロメートルを含む）となります。
地形的には東西の湖岸部分は低地、内陸部は標高30メートル前後の丘陵台地(行方台地)により形成されています。霞ヶ浦沿岸部は概ねなだらかな地形ですが、北浦側は比較的起伏に富んだ地形になっています。
また、霞ヶ浦湖岸の一部は水郷筑波国定公園に指定されており、美しい自然景観を有しています。
今後は、東関東自動車道水戸線の開通による、首都圏及び北関東との交流促進や連携強化による地域経済の発展等、飛躍的に向上することが期待されています。